Nach jedem Zähneputzen muss die elektrische Zahnbürste gereinigt werden. Der Bürstenkopf wird mit sauberem Wasser sorgfältig abgespült. Speisereste, Speichel oder Reste von Zahnpasta sollten nicht an der Bürste verbleiben, damit sich dort keine Keime ansiedeln. Idealerweise sollte die elektrische Zahnbürste nach dem Abspülen noch einmal kurz eingeschaltet werden, damit sie nicht mehr so nass ist.
Da das Griffstück normalerweise wasserfest ist und nicht direkt an die Stromversorgung aus der Steckdose angeschlossen ist, sondern über einen Akku oder eine Batterie betrieben wird, kann es meist ebenso mit Wasser gereinigt werden. Anderenfalls ist auch die Säuberung mit einem angefeuchteten Tuch möglich. Besonders sollte darauf geachtet werden, dass sich keine Verunreinigungen in den Vertiefungen und Hohlräumen ansammeln.
Sowohl das Bürstenstück als auch der Rest der elektrischen Zahnbürste kann auf spezielle Weise gereinigt werden. Für sehr gute hygienische Verhältnisse sorgen spezielle geeignete Desinfektionsmittel.
Der Bürstenaufsatz sollte vom Handstück der Zahnbürste abgenommen werden, wenn sie nicht betrieben wird. Die Aufsätze sollten trocknen können, bei Bedarf können auch zwei Bürstenköpfe abwechselnd eingesetzt werden. Es gibt nützliche Halterungen für Zahnbürsten beziehungsweise für Bürstenköpfe. Das Handstück der Zahnbürste sollte, wenn es sich um ein akkubetriebenes Modell handelt, in der Ladestation aufbewahrt werden. Wenn nötig, kann die Station ebenfalls mit einem angefeuchteten Lappen gesäubert werden. Ein vorsichtiger Umgang ist wegen der Stromversorgung notwendig.Der Bürstenkopf sollte spätestens nach drei Monaten der Verwendung gegen einen neuen ausgetauscht werden, da sich zu diesem Zeitpunkt schon die Reinigungsleistung stark verschlechtert hat. Ist die Bürste bereits vorher stärker verunreinigt, abgenutzt oder sind die Borsten verbogen, sollte sie schon zu diesem Zeitpunkt gewechselt werden. Neue Bürstenaufsätze können passend zum jeweiligen Zahnbürstenmodell erworben werden. Vor dem Kauf einer elektrischen Zahnbürste ist es sinnvoll, sich nach den Preisen und der Erhältlichkeit von Ersatzköpfen zu erkundigen.
Wie die Bürstenköpfe aufgesetzt und entfernt werden, unterscheidet sich von Modell zu Modell. Bei einigen Geräten müssen sie lediglich aufgesteckt und abgezogen werden, bei anderen werden sie mit einem Gewinde aufgedreht.